تم تحديث هيكلة نظام ادارة الجودة بالجامعة حيث في العام 2020، بدأت الجامعة اجراءات التحديث و التطوير في اجراءات و آليات العمل بالمركز  و التى كان من بينها تحديث لائحة المركز الداخلية و كذك هيكلة التنظيمى بقرار مجلس الجامعة بجلستة رقم  162 بتاريخ 27/10/2020 و ذلك في اطار المستجدات التى حدثت بالجامعة من حيث تم افتتاح كليات جديدة، التطور المعرفى و التكنولوجى على البرامج التعليمية بالجامعة، التوجهات التنموية الحديثة في اطار تحقيق رؤية مصر 2030 و الخطة الاستراتيجية لوزارة التعليم العالى و البحث العلمى. تم تحديث الهيكل  التنظيمى لمركز ضمان الجودة بالجامعة على نحو يتكون من مجلس الإدارة و عدد  خمسة من الوحدات الفنية  كما هو موضح بالشكل المبين، و للمركز أن ينشئ وحدات أخرى عند الضرورة بناء على اقتراح مدير المركز . يتولى إدارة المركز مجلس إدارة يتكون من عدد ثلاثة عشر عضوا ، ويشكل بقرار من رئيس الجامعة لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد، وذلك على النحو المبين بالجدول. يصدر رئيس الجامعة قراراً بتعيين مدير المركز على ان يكون من بين أعضاء هيئة التدريس بجامعة سوهاج من ذوي الخبرة في مجال ادارة الجودة لمدة ثلاثة سنوات قابلة للتجديد.